Ορατά στο έδαφος λείψανα του ιερού κοντά στις πηγές εντοπίσθηκαν μέσα σε ιδιωτικό ελαιώνα από τους αρχιτέκτονες G. Gruben και Μ. Κορρέ και το 1997 αποκαλύφθηκε μέρος τους με ανασκαφή του Πανεπιστημίου Αθηνών.

Σε ιδιωτικό αγρό στο Φλεριό, 50 περίπου μέτρα πάνω από τις πηγές του υδραγωγείου προς τα βόρειά  υψώματα, αποκαλύφθηκε μέσα σε βραχώδη περιοχή που σώζει επίσης ίχνη λατόμησης, ένα σημαντικό ιερό αγροτικού τύπου. Το 1997 πραγματοποιήθηκε μια ανασκαφική έρευνα στον χώρο, όπου διαπιστώθηκε ότι το κτίριο ήταν ένας μικρός ναός και ότι ανήκε σε ένα ιερό που είχε λατρευτική σχέση με τις πηγές και τα λατομεία γύρω τους. Από το 2003 εντάχθηκε στο πρόγραμμα ανάδειξης του υδραγωγείου και των λατομείων και ερευνήθηκε εξαντλητικά. Ελάχιστα ευρήματα από την προϊστορική εποχή μαρτυρούν απλά την ανθρώπινη παρουσία από πολύ νωρίς στην περιοχή του. Η λατρεία όμως φαίνεται ότι ξεκίνησε από τον 8ο π.Χ. αιώνα. Μια θηλυκή θεότητα της ευφορίας της γης στεγάστηκε δίπλα στις πηγές που εξασφάλιζαν αυτή την ευφορία σε ένα ταπεινό μονόχωρο οικοδόμημα με επίπεδη στέγη χτισμένο με τυχαίες πέτρες και κομμάτια μαρμάρου. Λίγο μετά τα μέσα του 7ου αιώνα ένα όμοιο κτίριο μεγαλύτερων διαστάσεων (4,20 x 7,30 μ.) που χτίστηκε σε επαφή με το πρώτο φιλοξένησε την κύρια λατρεία. Και γύρω στα μέσα του 6ου π.Χ. αιώνα προστέθηκε στα ιερά οικοδομήματα ένα ακόμη μικρό κτίριο (3,40 x 4,40 μ), φτιαγμένο τώρα με δουλεμένους μαρμάρινους λιθόπλινθους και εφοδιασμένο με δίριχτη μαρμάρινη στέγη – μικρογραφία ενός μνημειώδους ναού. Ήταν αυτό, του οποίου τα λείψανα έμειναν εν μέρει πάντα ορατά στην επιφάνεια του εδάφους. Παράλληλα όμως με την θεότητα που είχε υπό τον έλεγχό της τη βασική γεωργοκτηνοτροφική ασχολία των κατοίκων της περιοχής, υπάρχουν σαφείς ενδείξεις ότι στο ιερό αυτό λατρεύθηκαν και δύο ήρωες που προστάτευαν την άλλη, επίσης σημαντική δραστηριότητα στο χώρο, τη δύσκολη δηλαδή και επικίνδυνη δουλειά των λατόμων στην πέτρα. Η παρουσία των λατόμων στο ιερό ως κυρίων χρηστών του, τεκμηριώνεται από τα ευρήματα μέσα σ’ αυτό, τα οποία στην συντριπτική τους πλειοψηφία είναι είτε ημιτελή ή αποτυχημένα μαρμάρινα έργα, που φαίνεται ότι απέθεταν στο ιερό οι εργάτες της πέτρας.

Πηγή Κείμενο: «Συντήρηση και ανάδειξη του αρχαίου υδραγωγείου Μελάνων Νάξου, αρχαίου ιερού στις πηγές των Μελάνων και αγαλμάτων στα αρχαία λατομεία της περιοχής». Αθήνα 2010.